在武则天的寝室，酿酒曾经的一代女皇，形如枯槁，生命如风中残烛，让狄仁杰颇为感慨之际，元丰突然中毒，大发癫狂，攻击狄仁杰。

是日，师酵海港城陷入突然危机，师酵高铁、跨海大桥等交通要道突发连环爆炸，吴英雄在追索嫌凶过程中与东区分局刑事侦查组刑警陈真（林更新饰）结为搭档，又再度重逢被逼做人肉炸弹的通缉犯徐达夫（黄渤饰）。重案组刑警吴英雄（赵又廷饰）在拯救客机后成为警界明星，母菌出演各种警队宣传片风光无两。

吴英雄和陈真为解救徐达夫妻子杜小晴（关颖饰）并阻止枯草计划，酿酒与鉴识官蓝西英（张钧甯饰）、酿酒黑鹰队成员黄世楷（修杰楷饰）等人向夜行者发起挑战。原来，师酵一号为夜行者的神秘组织绑架了徐达夫等通缉犯的家属，师酵逼迫他们作为人肉炸弹将海港城通向外界的各通路炸毁，使海港城变为孤城，以释放生化病毒，执行毁灭城市的枯草计划生长于内蒙古大草原的年轻摔跤手——娜仁（赵柯饰），母菌应邀前往日本表演摔跤。

随后发现波士的真实身份正是温纯的若男，酿酒也即五年前被迫退出相扑界的赤那思。娜仁找到今月婆婆的孙子，师酵他改名成若男，从事足疗按摩。

波士和经纪人小百合利欲熏心，母菌在娜仁事先不知的情形下，临时将比赛改为泥浆摔跤。

愤恨之余，酿酒娜仁决心以爱唤醒童年伙伴的良知，找回迷失的自我。龙飞先拯救金小姐，师酵再杀掉占美，但同时龙飞也死在别人的冷枪之下，最终以悲剧结束。

母菌龙飞非常震怒,命令马辉干掉丧荣及生擒占美.丧荣兄弟虽死于马辉刀下,但占美却在远距离抢杀马辉。占美与丧荣之行径越趋白热化，酿酒惜被马辉识破。

婚后三人又同住，师酵莉莉竟暗恋马辉。某天巧遇太子被丧荣等人群殴，母菌出手相救，二人顿成知交。